中国作物学会实行会员制，凡承认本会章程，并符合会员条件者，经申请并批准后可成为会员。会员有个人会员（高级会员、普通会员）、单位会员、外籍会员和学生会员，以个人会员和单位会员为学会组织的主体。

中国作物学会的组织原则是民主集中制。最高领导机构是全国会员代表大会。代表由各省、自治区、直辖市作物学会、本会各专业委员会分别按理事会(常务理事会)分配的名额民主选举产生，上届常务理事会可根据工作需要保留协商推荐少数代表。代表大会每五年召开一次。必要时经常务理事会(理事会)同意可延期或提前举行。理事会是全国会员代表大会闭会期间的领导机构，由会员代表无记名等额(或差额)投票选举产生，常务理事会是理事会休会期间行使理事会职责的常设机构，由理事会无记名投票选举产生。常务理事会由理事长、副理事长、秘书长和常务理事若干人组成。理事长一般不连选连任，连任者不得超过两届。也不得兼任中国科协其它全国学会的理事长。中国作物学会受中国科协的领导，其办事机构行政上受挂靠单位的领导，学会秘书长和副秘书长在常务理事会的领导下，负责处理日常会务工作。

理事会根据工作需要，下设若干个工作委员会和专业委员会，各工作委员会由常务理事会分工负责，协助理事会工作；各专业委员会是理事会领导下的分科学术组织，是学会的组成部分，实行委员制。其条件是：有一支专业队伍和学科带头人；能自筹活动经费和有给予人力、财力、物力上支持的挂靠单位；有编辑出版期刊的能力；业务性质或范围与其他相应组织无重复。

各省、自治区、直辖市作物学会是所在的各省、自治区、直辖市科协的组成部分，是本会的地方组织，受本会业务指导。